Program Magister yang diselenggarakan oleh Program Pascasarjana UNIMED adalah :
- Administrasi Pendidikan
- Akuntansi
- Antropologi Sosial
- Ilmu Ekonomi
- Pendidikan Olahraga
- Ilmu Keolahragaan
- Linguistik Terapan Bahasa Inggris
- Pendidikan Bahasa Indonesia
- Pendidikan Bahasa Perancis
- Teknologi Pendidikan
- Pendidikan Biologi
- Pendidikan Dasar
- Pendidikan Ekonomi
- Pendidikan Fisika
- Pendidikan Kimia
- Pendidikan Matematika
