Program Doktor merupakan Pendidikan Akademik Doktor yang diarahkan pada penguasaan disiplin ilmu pengetahuan tertentu. Program Doktor yang diselenggarakan oleh UNIMED adalah :
- Linguistik Terapan Bahasa Inggris
- Manajemen Pendidikan
- Teknologi Pendidikan
- Pendidikan Dasar
- Pendidikan Kimia
- Pendidikan Matematika
